Moleculaire biologie: Chapter 12: Transcription activators in Eukaryotes



Dovnload 5.57 Mb.
Pagina1/10
Datum07.11.2017
Grootte5.57 Mb.
  1   2   3   4   5   6   7   8   9   10




Samenvatting






Moleculaire biologie: Chapter 12: Transcription activators in Eukaryotes




  1. Categories of activators


Activators kunnen zowel de transcritptie stimuleren als inhiberen (eerder inhibitor genoemd dan activator. Ze functioneren echter op eenzelfde moleculair mechanisme). Het zijn polypeptiden met minimaal twee functionele domeinen: een DNA bindend domein en een transcriptie activerend (of inhiberend) domein. Velen hebben ook een dimerisatie domein, dat de polypeptiden toelaat om homodimeren, heterodimeren of multimeren te vormen. Sommige hebben zelfs domeinen waarop effectors zoals hormonen kunnen binden.
    1. DNA bindend domein


Een proteïne domein is een onafhankelijk gevouwen regio van een proteïne, dat een specifieke functie uitoefent. Elk DNA bindend domein heeft een DNA bindend motief, wat het gedeelte van het domein is dat een karakteristieke vorm heeft voor de binding van DNA. De meeste DNA bindende motieven behoren tot volgende klassen:


  • Zink bevattende modules. Op zijn minst drie zink bevattende modules kunnen optreden als een DNA bindend motief. Zij gebruiken allen één of meerdere zink ionen om de juiste vormt te creëren. Hierdoor wordt er een α helix gevormd in het motief die past in de grote groeve van het DNA. Deze zink bevattende modules zijn onder andere de zink vingers.

  • Homeodomeinen (HD). Deze bestaan uit ongeveer 60 AZ en vormen zo een vergelijkbare structuur als de prokaryote helix turn helix DNA bindende domeinen van prokaryoten zoals in het λ faag repressor proteïne.

  • bZIP en bHLH motieven.
    1. Transcriptie activatie domeinen.


De meeste activators hebben één activatiedomein, sommige hebben er echter meer dan één. De meeste van deze domeinen kunnen geclassificeerde worden in onderstaande groepen:


  • Zure domeinen: Deze komt bijvoorbeeld voor in een activator van gist (GAL4)

  • Glutamine rijke domeinen: Sp1

  • Proline rijke domeinen CTF

De beschrijvingen van de transcriptie activerende domeinen zijn vaag, daar de domeinen zelf zeer slecht afgelijnd zijn in de proteïnen. Het zure domein bijvoorbeeld lijkt niets anders nodig te hebben dan een proportioneel grote aanwezigheid van zure AZ resdu’s om te kunnen functioneren. Dit leidde tot de naam “acidic blob” om deze waarschijnlijk ongestructureerd domein aan te duiden. Uit onderzoek blijkt dat het zure activatie domein van GAL4 een gedefinieerde structuur vormt in zure omstandigheden (β-vouwblad). Het is mogelijk dat dit vouwblad ook gevormd wordt in de licht basische omstandigheden in levende cellen, maar dit is op dit moment nog niet geweten. De structuur van het domein is niet het enige wat onduidelijk is, ook het belang van het zure karakter van het domein is nog een raadsel. Met zoveel onduidelijkheden is het op dit moment niet mogelijk om conclusies te trekken van hoe de structuur en de functie van het domein met elkaar gerelateerd zijn.


  1. Structures of the DNA binding motifs of activators


In tegenstelling tot de transcriptie activerende domeinen hebben de DNA bindende domeinen, wel goed gedefinieerde structuren. Met behulp van X-stralen kristallografie heeft men kunnen achterhalen hoe deze domeinen interageren met het DNA. Deze kristallografische studies hebben verder ook kunnen aantonen welke domeinen verantwoordelijk zijn voor de dimerisatie. Deze domeinen zijn vaak van cruciaal belang, daar de meeste transcriptie activators niet werkzaam zijn in een monomere vorm.


    1. Deel met je vrienden:
  1   2   3   4   5   6   7   8   9   10


De database wordt beschermd door het auteursrecht ©tand.info 2017
stuur bericht

    Hoofdpagina